سطح زیر کشت محصولات باغی بیش از 6 میلیون هکتار و میزان محصولات باغی کشور حدود 16 میلیون تن گزارش شده است. اما متوسط عملکرد میزان تولید محصول در باغات کشور کمتر از نصف متوسط عملکرد در باغات کشورهای پیشرفته است، زیرا پایه‌ها و ارقام تجاری درختان میوه موجود در ایران به دلیل قدمت و استفاده طولانی از آنها به بیماری‌های باکتریایی و ویروسی آلوده هستند که باعث کاهش عملکرد باغات می شوند. با بکار گیری روش های بیوتکنولوژی برای ردیابی ویروس ها و نیز سالم سازی گیاهان باغی که فقط  در شرایط کشت بافت امکان پذیر است، می ‏توان با همین سطح زیر کشت کنونی  میزان تولید محصولات باغی کشور را حداقل به میزان 10 تا 15 درصد افزایش داد.  با توجه به اهمیت موضوع، پژوهشکده با همکاری موسسه تحقیقات باغبانی، موسسه ثبت، کنترل و گواهی بذر و معاونت باغبانی با راهبرد کارامدسازی، اقدام به اجرای برنامه سالم سازی و تکثیر ارقام و پایه های درختان باغی مهم کشور نموده است.